公诉机关指控许某作为单位犯罪的直接责任人员，就必须拿出许某实施了犯罪行为的证据，证明许某实施了哪些犯罪行为单位犯罪的直接责任人员是在单位犯罪中起决定、批准、授意、纵容、指挥等作用。本案中，公诉机关没有任何证据证明许某实施了决定、批准、授意、纵容、指挥等犯罪行为，那么请问许某何来犯罪之说呢显然，公诉机关的指控是没有事实依据的。公司的王乙是本案中至关重要的人物，只有王乙到案后，才能查清全部的案件事实。王乙不到案，无法查明被告单位是谁与其联系的，无法查明涉案发票业务的真实交易情况。从公安机关立案至今已6年多，做为该案的核心人员王乙，公安机关至今对其未调查取证，已查不到搪塞。辩护人要问，这样的办案合法性何在！这的办案效率何在！这样的办案公正性何在！公司与被告单位之间的资金流向与虚开62张发票之间对应关系，事实不清，证据不足。
公司与被告单位之间的资金流向与虚开发票之间没有对应关系，C县公司作为出票单位，向被告单位支付700多万元的资金不符合虚开发票的逻辑。如果是虚开，就必须扣除一定的点数，作为买票费用。显然，而本案不存在虚开的利益交换。其中100万元C县公司转到山东协和万邦管理系统有限公司被告单位、许某无关， 50多万元转给王甲与许某无关。这样计算的数额与起诉书的指控无关的数额对不上。到底是谁负责C县公司的业务是本案中至关重要的事实，这一事实关乎到许某是否构成犯罪，谁真正的嫌疑人。这一重要事实在王乙没到案之前是不能下结论的。公司开具增值税专用发票，是否存在真实交易，事实不清、证据不足。公司的法定代表人吴进良证实，这块业务是王乙具体负责、经办,这块业务都是真实的业务，不存在虚开增值税专用发票的事实,公司的财务账簿在当地公安机关办案中扣押下落不明。
本案中已经查明被告单位与C县公司有大量的业务真实存在。不能因为62张发票找不到具体经办人，就否认业务的真实性。辩护人认为，在王乙没有到案之前，在C县公司的财务账簿没有到案之前，不能得出虚开增值税专用发票的结论。不能仅凭税务机关的行政处罚认定是否是虚开增值税专用发票，是否是虚开增值税专用发票必须有合法、有效的证据予以证实，而不是主观推断。公司作为出票单位获取好处，事实不清、证据不足。公司或是王乙为被告单位开具增值税专用发票必须具有利益交换。本案中，是谁得到了这样的利益，得到了多少利益，都不清楚，没有证据证明，被告单位。
王甲、武某系夫妻关系，武某是本案的举报人，武某某是武某的妹妹，李某、刘某某与王甲均在济南意达医药有限公司工作，据了解张某、王某现在为王甲工作，俞某某因与被告单位工资纠纷闹到济南时报。这些证人与王甲都存在一定利害关系，特别是王甲所谓挂靠、许某控制公司、C县公司业务这些说法完全一致，明显存在窜供事实。因此，这些人的证人证言不具备可采性。
王甲并非是挂靠在被告单位的个体经营者，其真实身份应当认定为隐名股东，参与被告单位的实际经营，控制公司。王甲于2012年01月18日10时15分的询问笔录证实：我毕业后被分配至齐鲁医院工作，我妻子武某给我商量出资购买某某公司的事，我感觉如果以武某、许某的名义将某某公司买下来，我通过某某公司向齐鲁医院供应药品回款就会比较方便、安全。当时我妻子出资约17万元，占34%的股份；后来我妻子出资到25万元，占50%的股份。我妻子始终没有参与某某公司的任何经营活动。