甲公司与乙公司货物交易的物流凭证虽然因为各种原因已无法收集，但是如果交易确实存在，涉案发票交易的货物包括82.945吨锌锭和50Kg铟就不会平白消失。会见中上诉人周甲反映，他所控制的乙公司作为一家贸易公司，购买锌锭和铟的目的是用来转售盈利，从甲公司购买的货物全部卖给了成都丙公司、郴州丁公司和常州戊公司，就此他在侦查和一审阶段亦做了供述。辩护人发现一审判决有意无意忽略了该重要事实，因此决定向丙、丁、戊三家公司调查与乙公司的交易情况以及是否有相关交易记录。结果发现该三家公司的财务账册中均有向乙公司购买与涉案增值税专用发票货物种类和数量一致的锌锭和铟的记账凭证、入库凭证以及货款支付凭证，与周甲反映的情况完全一致。
乙公司并不生产锌锭和铟，其所售卖的锌锭和铟不会凭空从天上掉下来。那么有没有证明这些货物购自甲公司的证据呢？辩护人查阅了乙公司的财务账册，发现乙公司2012年5月份的记账凭证中有向甲公司购进货物的记录以及交易的相关附件，购进金额与涉案两张增值税发票金额完全一致，并且乙公司财物账册中亦有向甲公司的支付记录。
最高人民法院《关于适用中华人民共和国刑事诉讼法的解释》第八十四条第（三）项规定，人民法院对鉴定意见应当着重审查以下内容……“检材是否充足、可靠”。辩护人审查鉴定意见后发现，侦查机关没有向鉴定机构提供对被告人有利的证据材料，鉴定机构做出鉴定意见所依据的检材不完整、不充分、不全面。违反鉴定机构“委托人应当向鉴定机构提供完整、充分的鉴定材料”的要求。因此涉案两张增值税发票的购货单位与销货单位之间无真实购销依据”的意见依据不足，不应予以采信。
分析造成错误混同的主要原因，辩护人认为与甲公司财务人员周乙记账混乱有关：将外账45＃、80＃凭证对应的何某某付款407998.00元和473630.00元记载为乙公司付货款；48＃凭证对应的王某某付款534550.00元记载为乙公司付货款；而财务人员张某某按照周乙制作的45＃、48＃、80＃凭证制作了《2012年三栏明细表》。同样的错误，周乙将外账107号凭证对应的何某某付款524500元（卷三P143）也做成了乙公司的付货款（卷三P52-53）、92＃凭证王某某支付运费制作成乙公司付运费。何某某和王某某所付货款是支付至周乙的个人农行卡账户，周乙在2015年3月24日的讯问笔录中也承认“周甲告诉我80号凭证这笔钱是何某某打过来的”（卷三P25）。由此证明周甲并没有指示周乙这是乙公司的付货款。正是由于周乙工作严重不负责任才导致如此错误。而之后，周乙对内账（146＃、145＃、80＃）中做相应调整恢复真实的付款方为何某某、王某某并无不妥。
《鉴定意见书》认为，45＃、48＃、80＃凭证指向的真实购销业务是甲公司与何某某、王某某之间发生，而非甲公司与乙公司之间发生。辩护人认为，即使鉴定机构的意见成立，也只能证明与45＃、48＃、80＃凭证相关的购销业务不是发生在甲公司与乙公司之间，而不能由此推断甲公司与乙公司之间没有购销业务。同时，上诉人的妻子在侦查阶段向办案机关提交了乙公司与甲公司购买锌锭和铟的交易凭证，但侦查机关没有向鉴定机构提交，鉴定意见中亦没有体现。因此，鉴定机构“涉案两张增值税发票的购货单位与销货单位之间无真实购销依据”的意见没有事实依据，且违反法律规定。